From owner-freebsd-ports-bugs@FreeBSD.ORG Sat Nov 13 15:20:11 2010 Return-Path: Delivered-To: freebsd-ports-bugs@hub.freebsd.org Received: from mx1.freebsd.org (mx1.freebsd.org [IPv6:2001:4f8:fff6::34]) by hub.freebsd.org (Postfix) with ESMTP id 8350C1065679 for ; Sat, 13 Nov 2010 15:20:11 +0000 (UTC) (envelope-from gnats@FreeBSD.org) Received: from freefall.freebsd.org (freefall.freebsd.org [IPv6:2001:4f8:fff6::28]) by mx1.freebsd.org (Postfix) with ESMTP id 6048B8FC1B for ; Sat, 13 Nov 2010 15:20:11 +0000 (UTC) Received: from freefall.freebsd.org (localhost [127.0.0.1]) by freefall.freebsd.org (8.14.4/8.14.4) with ESMTP id oADFKBYN070076 for ; Sat, 13 Nov 2010 15:20:11 GMT (envelope-from gnats@freefall.freebsd.org) Received: (from gnats@localhost) by freefall.freebsd.org (8.14.4/8.14.4/Submit) id oADFKBJi070075; Sat, 13 Nov 2010 15:20:11 GMT (envelope-from gnats) Resent-Date: Sat, 13 Nov 2010 15:20:11 GMT Resent-Message-Id: <201011131520.oADFKBJi070075@freefall.freebsd.org> Resent-From: FreeBSD-gnats-submit@FreeBSD.org (GNATS Filer) Resent-To: freebsd-ports-bugs@FreeBSD.org Resent-Reply-To: FreeBSD-gnats-submit@FreeBSD.org, Gea-Suan Lin Received: from mx1.freebsd.org (mx1.freebsd.org [IPv6:2001:4f8:fff6::34]) by hub.freebsd.org (Postfix) with ESMTP id 06E911065670; Sat, 13 Nov 2010 15:14:37 +0000 (UTC) (envelope-from gslin@colo-p.gslin.org) Received: from colo-p.gslin.org (97.135.ip.mwsrv.com [210.242.135.97]) by mx1.freebsd.org (Postfix) with ESMTP id 7AECB8FC0A; Sat, 13 Nov 2010 15:14:36 +0000 (UTC) Received: by colo-p.gslin.org (Postfix, from userid 1000) id E34927E824; Sat, 13 Nov 2010 23:14:35 +0800 (CST) Message-Id: <20101113151435.E34927E824@colo-p.gslin.org> Date: Sat, 13 Nov 2010 23:14:35 +0800 (CST) From: Gea-Suan Lin To: FreeBSD-gnats-submit@FreeBSD.org X-Send-Pr-Version: 3.113 Cc: perl@FreeBSD.org, gslin@gslin.org Subject: ports/152205: [PATCH] biology/p5-Bio-Phylo: update to 0.29 X-BeenThere: freebsd-ports-bugs@freebsd.org X-Mailman-Version: 2.1.5 Precedence: list List-Id: Ports bug reports List-Unsubscribe: , List-Archive: List-Post: List-Help: List-Subscribe: , X-List-Received-Date: Sat, 13 Nov 2010 15:20:11 -0000 >Number: 152205 >Category: ports >Synopsis: [PATCH] biology/p5-Bio-Phylo: update to 0.29 >Confidential: no >Severity: non-critical >Priority: low >Responsible: freebsd-ports-bugs >State: open >Quarter: >Keywords: >Date-Required: >Class: update >Submitter-Id: current-users >Arrival-Date: Sat Nov 13 15:20:10 UTC 2010 >Closed-Date: >Last-Modified: >Originator: Gea-Suan Lin >Release: FreeBSD 7.3-RELEASE-p2 i386 >Organization: >Environment: System: FreeBSD colo-p.gslin.org 7.3-RELEASE-p2 FreeBSD 7.3-RELEASE-p2 #0: Mon Jul 12 19:04:04 UTC 2010 >Description: - Update to 0.29 Port maintainer (perl@FreeBSD.org) is cc'd. Generated with FreeBSD Port Tools 0.99 >How-To-Repeat: >Fix: --- p5-Bio-Phylo-0.29.patch begins here --- diff -ruN --exclude=CVS /usr/ports/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile /home/staff/gslin/work/ports/p5-Bio-Phylo/Makefile --- /usr/ports/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile 2010-11-09 22:15:44.000000000 +0800 +++ /home/staff/gslin/work/ports/p5-Bio-Phylo/Makefile 2010-11-13 23:12:53.000000000 +0800 @@ -6,7 +6,7 @@ # PORTNAME= Bio-Phylo -PORTVERSION= 0.28 +PORTVERSION= 0.29 CATEGORIES= biology perl5 MASTER_SITES= CPAN PKGNAMEPREFIX= p5- @@ -14,81 +14,82 @@ MAINTAINER= perl@FreeBSD.org COMMENT= Phylogenetic analysis using perl -BUILD_DEPENDS= p5-Exception-Class>1.22:${PORTSDIR}/devel/p5-Exception-Class \ +RUN_DEPENDS= p5-Math-CDF>=0:${PORTSDIR}/math/p5-Math-CDF \ p5-Math-Random>=0.67:${PORTSDIR}/math/p5-Math-Random \ - p5-IO-String>=1.05:${PORTSDIR}/devel/p5-IO-String \ + p5-SVG>=1.07:${PORTSDIR}/textproc/p5-SVG \ + p5-SWF-Builder>=0:${PORTSDIR}/graphics/p5-SWF-Builder \ + p5-XML-Twig>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-Twig \ p5-bioperl>=0:${PORTSDIR}/biology/p5-bioperl \ - p5-SVG>=1.07:${PORTSDIR}/textproc/p5-SVG -RUN_DEPENDS= ${BUILD_DEPENDS} - -MAN3= Bio::Phylo.3 \ - Bio::Phylo::EvolutionaryModels.3 \ - Bio::Phylo::Factory.3 \ - Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3 \ - Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3 \ - Bio::Phylo::Forest.3 \ - Bio::Phylo::Forest::Node.3 \ - Bio::Phylo::Forest::Tree.3 \ - Bio::Phylo::Generator.3 \ - Bio::Phylo::IO.3 \ - Bio::Phylo::Listable.3 \ - Bio::Phylo::Manual.3 \ - Bio::Phylo::Matrices.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datum.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed.3 \ - Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator.3 \ - 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